В тоже время отдельные виды болезней (инфекции и др.) имеют свои специфические механизмы, характерные только для данной группы болезней. Однако и в пределах определенной группы болезней по мере изучения механизмов развития конкретного заболевания открываются новые, все более специфические отличия для каждой отдельной болезни. Глубина познания специфичности определяет степень раскрытия сущности каждого вида болезни как нозологической единицы.
Как было отмечено, патологическая физиология тесно связана с клиническими науками, так как болезни человека являются главным объектом ее внимания и изучения. Однако основным методом исследования в патофизиологии долгое время являлся эксперимент на животных: стремление воспроизвести отдельные болезненные нарушения органов и систем, получить адекватные модели отдельных видов болезней человека. Например, Броун-Секар путем удаления одного или двух надпочечников у собак пытался создать модель аддисоновой болезни человека; И.П. Павлов, повреждая слизистую оболочку желудка у собак ляписом, сулемой и другими раздражителями, воспроизводил модель нарушения секреции желудочного сока при воспалении желудка.